Ogni volta che pensi a un pop-up chiediti "per visualizzare cosa esattamente?"
Evita i pop-up come i transessuali in tangenziale. È un pattern obsoleto e contro ogni base di UX che si rispetti, senza aggiungere che 50% della tua utenza (se non più) avrà un adblock/noscript/ublock attivato che segherá tutti i tuoi pop-up a prescindere.
Devi aprire una finestra esterna al tuo dominio? Allora un target _blank e lasciare che l'user navighi da solo sulla nuova finestra. È della roba che sta sul tuo sito però che non ha senso di metterla in una pagina a parte? Esistono i modal, che oltre ad essere a prova di scemo non disturbano l'user con finestre aggiuntive.
Crea un div con position fixed e centrato nel viewport e display none, visto che usi jquery puoi usare semplicemente .fadeIn() o .show() sull'onclick. Inoltre puoi bindare un click sul modal per farlo chiudere una volta aperto.
Vedi jsfiddle di goemon se vuoi implementare un modal di bootstrap, oppure puoi implementarne uno tuo da zero come descritto sopra per non appesantire le pagine con una intera libreria se devi usarne il 10% delle funzionalità cui offre.
Dovrebbe funzionare anche senza il document ready Comunque ti suggerirei di aggiungere un ID all'elemento da cliccare, tipo "js-whatsapp-modal" e targettarlo con $(document).on('click', '#js-whatsapp-modal', function...